淋病是世界常見的性傳播疾病之一，其病原體淋球菌的耐藥性作為嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題受到重點關(guān)注。淋球菌的耐藥機(jī)制十分復(fù)雜，已知的耐藥相關(guān)位點分布在十余個耐藥基因中，并且呈現(xiàn)為單核苷酸多態(tài)性、馬賽克樣變異、質(zhì)粒獲得等多種形式。因此，對一株淋球菌的耐藥特征進(jìn)行完整描述，需要對十余個耐藥相關(guān)基因測序。如果使用常規(guī)的PCR-Sanger測序技術(shù)，必須首先在臨床樣本中分離到淋球菌，然后完成大量的重復(fù)實驗和序列分析，十分繁瑣。

為了解決上述問題，彭俊平課題組基于納米孔測序技術(shù)平臺，應(yīng)用多重PCR擴(kuò)增子測序的策略，僅使用一個PCR反應(yīng)就可以在臨床樣本中直接擴(kuò)增與淋球菌耐藥性相關(guān)的十余個基因。利用測序數(shù)據(jù)進(jìn)行互相校正，測序的準(zhǔn)確度可以達(dá)到99.5%以上，檢測的靈敏度可以低至31拷貝/微升。同時分析12個臨床樣本，只需要7-10個小時的時間就能得到耐藥相關(guān)基因的全序；而對已分離的菌株進(jìn)行檢測則需要的時間更短。

該方法建立之后，可以作為一個通用的流程推廣到其他重要病原體，分析其耐藥及分子流行病學(xué)特征，例如應(yīng)用于一些生長緩慢、難以培養(yǎng)的病原體，包括結(jié)核分枝桿菌、支原體、衣原體、病毒等。該方法可以作為細(xì)菌耐藥實驗室檢測體系中的重要一環(huán)，為指導(dǎo)臨床合理使用抗生素、探索病原體耐藥機(jī)制提供新的策略與思路。研究得到中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程和國家自然科學(xué)基金的資助。