毒力因子是病原菌所編碼的能夠促使其在宿主環(huán)境中定植、繁殖和致病的基因產(chǎn)物的統(tǒng)稱(chēng)。病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫(kù)（簡(jiǎn)稱(chēng)VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由我所楊劍課題組建立并長(zhǎng)期維護(hù)，經(jīng)過(guò)十多年的持續(xù)升級(jí)和更新已經(jīng)發(fā)展成為國(guó)際上最大的病原菌毒力因子數(shù)據(jù)資源中心，被國(guó)內(nèi)外同行廣泛使用。

近年來(lái)基于宏基因組技術(shù)的微生物組研究逐步成為微生物學(xué)的前沿?zé)狳c(diǎn)之一，而微生物組大數(shù)據(jù)包含了大量來(lái)自不同種屬細(xì)菌的基因組數(shù)據(jù)。由于傳統(tǒng)的細(xì)菌學(xué)家通常只專(zhuān)注于一種或幾種相關(guān)種屬的細(xì)菌的致病機(jī)制研究，當(dāng)前VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)中來(lái)自不同種屬的細(xì)菌毒力因子的命名和分類(lèi)雖然存在一定關(guān)聯(lián)性，但缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)，因而難以應(yīng)用于微生物組等跨種屬的數(shù)據(jù)挖掘。為此，楊劍課題組的劉博和鄭丹丹等在前期工作基礎(chǔ)上，基于文獻(xiàn)信息挖掘和數(shù)據(jù)整合分析，在VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)上首次建立了病原菌毒力因子通用分類(lèi)體系VFcategory。該分類(lèi)系統(tǒng)目前包含14個(gè)基礎(chǔ)分類(lèi)，并可以進(jìn)一步細(xì)分為100多個(gè)子類(lèi)，從而涵蓋VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的32個(gè)屬百余種重要人類(lèi)致病菌的所有已知毒力因子。同時(shí)，還設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)了更加簡(jiǎn)潔易用的數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)界面，方便全球用戶(hù)訪(fǎng)問(wèn)和使用。

該研究建立的病原菌毒力因子通用分類(lèi)體系，不僅為針對(duì)微生物組大數(shù)據(jù)的毒力因子分析開(kāi)辟了道路，而且為進(jìn)一步開(kāi)展跨種屬的毒力因子數(shù)據(jù)挖掘奠定了基礎(chǔ)。近日，相關(guān)研究成果發(fā)表于《Nucleic Acids Research》雜志，我所劉博和鄭丹丹兩位博士為論文共同第一作者，楊劍研究員和陳立宏副研究員為論文共同通訊作者。該研究獲得了國(guó)家自然科學(xué)基金和中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程等項(xiàng)目資助。