隨著高通量DNA測序技術(shù)的飛速發(fā)展，越來越多的物種完成了基因組測序?，F(xiàn)階段基因組的注釋主要依靠生物信息學(xué)分析完成基因組蛋白編碼區(qū)等的預(yù)測，其錯誤率較高，缺乏實驗證據(jù)。近年來，蛋白組基因組學(xué)（proteogenomic）的逐漸興起，蛋白組基因組學(xué)并結(jié)合表達(dá)組學(xué)能夠從基因組編碼蛋白和轉(zhuǎn)錄組層面對生物信息學(xué)的分析結(jié)果進(jìn)行驗證、完善，顯著提高了基因組注釋的準(zhǔn)確性。
   紅色毛癬菌是重要的淺表感染真菌，也是人類病原絲狀真菌研究重要的模式生物。紅色毛癬菌的基因組測序和注釋于2010年由Broad Institute 完成。金奇課題組應(yīng)用串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)對紅色毛癬菌的全蛋白質(zhì)組進(jìn)行分析并結(jié)合該真菌在不同生長時相的轉(zhuǎn)錄組學(xué)實驗數(shù)據(jù)對基因組原有注釋進(jìn)行了驗證和完善，共確證了4,291個基因的表達(dá)產(chǎn)物，修正了161個注釋錯誤的基因編碼區(qū)并發(fā)現(xiàn)了9個以前未注釋的新基因。這些結(jié)果為今后基因組數(shù)據(jù)在紅色毛癬菌及其他高同源淺表感染真菌遺傳特點和致病性研究中的利用打下了基礎(chǔ)。該研究采用的方法整合了蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)實驗數(shù)據(jù)，在轉(zhuǎn)錄水平和表達(dá)水平進(jìn)行相互驗證，結(jié)果互相補充，這一方法對其他基因組的精確注釋有借鑒意義。