迄今為止全球近百分之八十的人類新發(fā)傳染病均源自于動(dòng)物源性病原體跨種感染。目前，由于人類對(duì)動(dòng)物（特別是野生動(dòng)物）所攜帶病原體認(rèn)知有限，因而嚴(yán)重制約了針對(duì)引起新發(fā)傳染病病原體的鑒別和溯源能力。

翼手目動(dòng)物，即蝙蝠，是許多人或動(dòng)物新發(fā)傳染病病原體的自然宿主和儲(chǔ)存宿主。2003 年肆虐全球的嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒（SARS-CoV）， 2012 年在中東爆發(fā)/流行的中東呼吸綜合征冠狀病毒（MERS-CoV）, 以及在澳洲和東南亞引起人、豬和馬大量死亡的亨德拉病毒（Hendra virus）和尼帕病毒（ Nipah virus ）等，均被證實(shí)起源于或直接來(lái)源于蝙蝠。而近期在西非引發(fā)大規(guī)模流行的埃博拉病毒（Ebola virus）也被認(rèn)為與蝙蝠有關(guān)。

正是由于動(dòng)物源性傳染病的病原學(xué)研究在新發(fā)傳染病預(yù)警、鑒別和溯源等方面的重要意義。金奇課題組從2012年開(kāi)始以基于宏基因組學(xué)的病毒組學(xué)研究方法為手段，較為系統(tǒng)地對(duì)分布于我國(guó)境內(nèi)的蝙蝠進(jìn)行了呼吸/消化道病毒組學(xué)研究。通過(guò)基于覆蓋我國(guó)29個(gè)省市自治區(qū)40個(gè)蝠種近5千只蝙蝠的咽拭子和肛拭子樣本的病毒組特征分析，首次闡明了蝙蝠樣本中的哺乳動(dòng)物病毒、昆蟲病毒、真菌病毒、植物病毒和噬菌體等病毒譜。以哺乳動(dòng)物病毒為重點(diǎn)，解析了我國(guó)代表性蝠種所攜帶病毒的種類及基因組結(jié)構(gòu)特征。所發(fā)現(xiàn)的病毒覆蓋19個(gè)哺乳動(dòng)物病毒科和60個(gè)非哺乳動(dòng)物病毒科。從中鑒定并分析了144個(gè)新型哺乳動(dòng)物病毒種（共692個(gè)病毒株）的基因組結(jié)構(gòu)。這些病毒與已知的哺乳動(dòng)物病毒的核酸同源性差異較大（介于29%-95%之間）。此外，該研究還為SARS-CoV、MERS-CoV等病毒的溯源和跨種傳播機(jī)制研究提供了新的證據(jù)與線索。上述研究為國(guó)際上首次大范圍、多蝠種、全病毒譜的研究，其結(jié)果不僅有助于全面了解蝙蝠源病毒的生態(tài)多樣性，而且為構(gòu)建新發(fā)傳染病預(yù)警和溯源體系提供了基礎(chǔ)，為提升新發(fā)傳染病病原體的快速鑒別能力提供了支撐。